2006年1月，凌云寺维修工程启动。委托四川省古建筑研究设计院对全寺建筑进行测绘，完成了95张精度在1：75至1：150的《乐山凌云寺测绘图》。2007年8月，完成了《乐山凌云寺维修规划方案设计》。

2008年起，经过一年多的紧张筹备，凌云寺维修工程拉开序幕。

2008年10月14日，凌云寺一期维修工程开始，对弥勒殿、左右厢旁房进行全封闭施工。

2009年4月30日，经过半年安全、文明、优质施工，凌云寺弥勒殿、祖堂、禅堂、客堂、五观堂、钟楼、鼓楼完成土建、大木结构工程，进入精装修阶段。设计制作，精雕彩绘木门、窗、挂落、天宫罩、老桷梁等构件挂件，严格按历史原貌恢复其古朴、典雅风格。

2009年12月10日，凌云寺二期维修工程开始封闭施工，对大雄宝殿、藏经楼、后院左右厢房落架维修。大雄宝殿拆下的木柱、木梁、抬担皆已腐朽中空、破损断裂。