1942年11月末的一天，六朝古都南京天寒地冻，这天上午驻扎在南京中华门外日军队长高僧隆介所部，准备在大报恩寺三藏殿的遗址上修建“稻禾神社”。谁也没想到，接下来的一幕让现场挖掘的日军震惊不已。日军挖到了地下约3.5米处时，意外发现了一个石棺，打开石棺发现里面有一个石函。

石函里会有什么？很快日军发现了石函两侧刻有文字，一侧的文字是“大唐三藏大遍觉法师玄奘顶骨早因黄巢发塔今长干寺演化大师可政于长安传得于此葬之。”另一面则刻着，“玄奘法师顶骨塔初在天禧寺之东冈明洪武十九年迁于寺之南冈三塔之上。”原来石函里装着玄奘顶骨舍利，这可是一件绝世灵物，更是佛教至高无上的圣物。除了石函外，还挖出了金佛像一尊、珠宝等珍贵陪葬品。

文献记载，玄奘圆寂于陕西，怎么他的顶骨安葬在南京呢？石函的刻字给了我们答案。玄奘大师圆寂于唐高宗麟德元年（公元664年）二月五日夜半在玉华寺肃成院（今铜川玉华宫），一个月后遗体运往长安，唐高宗非常悲痛，下旨火化后安葬陕西樊川平原的兴教寺的三藏舍利塔。

黄巢起义时，兴教寺中的三藏舍利塔被烧毁，玄奘的头顶舍利也被抛弃在荒野中。后来佛门弟子将顶骨送到终南山紫阁寺中，建一塔供奉顶骨，并刻下碑文说明其中原委。北宋端拱元年(公元988年)，金陵天禧寺住持可政到陕西终南山游历，看到紫阁寺三藏舍利塔破败不堪，于是将玄奘顶骨舍利千里迢迢背回南京，将其供奉在天禧寺里。

后来，天禧寺毁于大火，朱棣在原址上重建了大报恩寺，并继续供奉玄奘顶骨舍利。再后来，由于太平天国运动，大报恩寺又被毁掉了，此后关于玄奘顶骨的下落逐渐成为了一个不解之谜。当日军挖到石函后，为了证实挖到的就是玄奘顶骨，他们从国立中央大学找来几个老教授，经过鉴定大家一致认为这就是玄奘的顶骨舍利。

日军想封锁发现玄奘顶骨的消息，可消息还是不胫而走。在舆论的强大压力下，最终日军把发现的玄奘顶骨一份为三，南京汪精卫伪政府一份、北京一份、日本一份。被日军带回日本的玄奘顶骨舍利再次被一分为三，其中赠送台湾一份，剩下两份分别供奉在日本琦玉县慈恩寺和日本奈良三藏院。

参考资料：《大唐大慈恩寺三藏法师传》、《西安市志·（第七卷） 人物志》