药师咒来自（唐三藏法师义净奉诏译）的《药师琉璃光七佛本愿功德经》。药师琉璃光如来，是东方净土净琉璃世界的教主。药师法注重利益现实人间，故特别契合当今时代的众生。持药师咒是易行的药师法门，若能至心修持，不仅有消灾（免除疾病、横逆、贫困等之苦）延寿满愿的利益，还有促使众生早成佛道的功德。

　　玄奘译《药师琉璃光如来本愿功德经》及义净译《药师琉璃光七佛本愿功德经》中咒语相同，即人们常诵的版本：

　　南无薄伽伐帝 鞞杀社 窭噜 薜琉璃 跋喇婆 喝啰阇也 怛他揭多也 阿啰喝帝 三藐三勃陀耶 怛侄他 唵 鞞刹逝 鞞刹逝 鞞刹社 三没揭帝 莎诃。

　　出自《药师琉璃光如来消灾除难念诵仪轨》，内容与前本形同，但一行师使用长音、二合等形式，所译咒音比较准确，其咒如下：

　　曩谟(引)婆(去)[言*我][口*缚]帝(一)佩杀紫野(二合)虞噜(二)吠[口*女]哩也(二合)钵罗(二合)婆罗惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿罗喝(二合)帝(五)三藐三没驮(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩杀尔曳(二合)(九)佩杀尔曳(二合)(十)佩杀紫野(二合)(十一)三麼弩櫱(二合)帝(十二)娑[口*缚](二合)贺(引)(十三)。

　　此版本咒心稍有不同，多出“摩诃佩杀尔曳(二合)”及“罗惹”，其咒如下：

　　曩谟(引)婆(去)[言*我][口*缚]帝(一)佩杀紫野(二合)虞噜(二)吠[口*女]哩也(二合)钵罗(二合)婆罗惹野(三)怛他(引)櫱哆(引)野(四)阿罗喝(二合)帝(五)三藐三没驮(引)野(六)怛你也(二合)他(引)(七)唵(八)佩杀尔曳(二合)(九)佩杀尔曳(二合)(十) 摩诃佩杀尔曳(二合)（十一）佩杀紫野(二合)罗惹(十二)三麼弩櫱(二合)帝(十三)娑[口*缚](二合)贺(引)(十四)。

　　除其藏文注音形式外，内容近于永乐大钟版本，但在“喇杂”前少“贝堪则”一词，其咒如下：

　　喋雅他 嗡 贝堪则 贝堪则 玛哈贝堪则 喇杂 萨目（儿） 嘎喋 梭哈。

　　药师咒，是佛教徒经常诵持的几个咒语之一，尤其是在有病苦时。下面提供药师咒治病的方法（仅供参考）：

　　对食物、药、或水持咒一百零八遍，再让病人服食。当然，「常清净澡漱」的基本医疗处置，也是必要条件之一。其功效如经文所述：除病离苦，所求皆得。

　　人的身体受什么支配？受我们的大脑思想支配。身体是有形有相的，而思想是无形无相的，但是有形有相的身体受无形无相的思想所支配。同样的，我们生病了，手上长一个瘤子出来，这个瘤子是有形有相的，有形有相的疾病和瘤子受无形无相的黑子场所控制。

　　黑子场是什么？就是我们过去的业障，过去的不好的生活习惯，我们过去常起的贪瞋痴三毒对身心的摧残。它也有能量，你要大发脾气，你以为没有能量，这个怒气也是需要能量支持，它也会产生一种能量就留在那里面，对你的身体会有伤害。尤其是那一些，就是说心里面很生气，但是表面上要装作很有修养，从来也不骂人，这个气就闷在心里面，这种人很快就会有胃溃疡。所以我们要了解，这个就是黑子场。

　　虽然它是无形无相的，但是它是疾病的根源。如果我们通过医院做手术把这个有形有相的瘤子割掉，并不能够解决问题。因为无形无相的操纵者，这个黑子场仍然还存在，所以你割掉那个有形相的瘤子，这个无形相的黑子场在的话，它就可能让那个病情更恶化。所以有一些癌症患者不做切除手术还好，一割掉那个瘤子，病情反而就恶化了，或者癌细胞就转移了。

　　原因其实都是在于此地，好像一个母亲能够生小孩子一样，你杀掉一个，母亲还在的话，她又再生一个，一直生。这个黑子场是母亲，这个瘤子是儿子。

　　中国的文化说，万物负阴而抱阳，负阳而抱阴，孤阴不生，独阳不长，万事万物是相对而存在的，因缘和合了，暂时统一了，这个就存在；矛盾激发了，因缘散灭了，就死亡了，欲界的一切万事万物都是如此。所以当我们如果能够通过持诵药师咒，沟通了整个宇宙的灵能，沟通了药师如来尽虚空、遍法界的加持力的时候，就能够驱除无形的黑子场。

　　你要知道，你用药师咒把这个无形无相的黑子场这个阴性物质消除了，有形有相的这个瘤子它是阳性的物质，它也就失去了依存的另一方，有形有相的瘤子和无形无相的黑子场，有形和无形，这两者是相结合而存在的，你取掉这个黑子场的时候，这个瘤子也就渐渐地失去支持了，所以它慢慢地就萎缩了，慢慢地就消掉了，它也就无法长期地存在了。这是我们知道修药师咒，她能够治病的一个基本的原理。